El fondo artístico de la Academia supera el millar de obras, siendo su procedencia muy diversa y su tipología variada (escultura, dibujo, pintura, grabado, litografía, fotografía, partituras). Una parte del mismo se halla constituido por adquisiciones realizadas desde su fundación y hasta el primer tercio del siglo XX, así como por donaciones contemporáneas de obras clásicas.
Por su parte, el fondo contemporáneo se ha venido enriqueciendo con aportaciones de los propios académicos y con obras premiadas en los diferentes certámenes convocados por la Academia durante las últimas décadas.
Debido a los problemas de espacio de que adolece la institución, buena parte de su fondo artístico se halla depositado en el Museo de Bellas Artes de Granada, lo que garantiza su óptima conservación y adecuada difusión.
Las obras pictóricas anteriores al siglo XX que se conservan no son muy numerosas, dado que buena parte de los fondos que administró y custodió la Academia pasaron a formar parte del Museo de Bellas Artes tras su instalación en 1923 en la Casa de Castril. No obstante, posee algunas obras de singular interés, como el Crucificado, de Alonso Cano y el retrato de Santa Eduvigis, salido del pincel de P.A. Bocanegra y donado por el académico Marino Antequera. Como una muestra de las aportaciones realizadas por los académicos con motivo de su recepción, se conserva también una obra inacabada de Gabriel Morcillo.
En el ámbito del dibujo, se conserva una espléndida colección de apuntes del natural realizados por el pintor, historiador y académico Manuel Gómez Moreno González, compuestos en Madrid, Roma y Granada entre 1856 y 1880, así como una carpeta litografías y dibujos posiblemente realizados por el pintor francés, Jean-Baptiste Mauzaisse (1784-1844), adquiridos en la década de 1880 a la viuda de su hijo, el fotógrafo Charles Mauzaisse.
La escultura más antigua integra obras de Diego de Aranda (siglo XVI), Miguel de Verdiguier (siglo XVIII) y Juan Cristóbal, incluyéndose también algunos bustos realizados por el académico Francisco Morales, como el correspondiente a Fray Luis de Granada, premiado en el certamen convocado en 1888 para conmemorar el tercer centenario de la muerte del insigne teólogo granadino.
La colección de grabados y litografías que conserva la Academia es ciertamente abundante y valiosa, no solo por ser una privilegiada receptora de numerosas obras salidas de la Calcografía Nacional, sino por las diversas monografías ilustradas que se conservan en su biblioteca. Sobresalen en este repertorio los primeros grabados realizados por el joven Francisco de Goya sobre pinturas de Velázquez, varios ejemplares de la serie de los Caprichos, Las Antigüedades árabes de España publicadas por la Real Academia de San Fernando (1804) o los grandes repertorios monumentales españoles editados en el siglo XIX, como los Monumentos Arquitectónicos de España o el Museo Español de antigüedades.
En cuanto a la fotografía, se exponen algunas piezas singulares, como el segundo tomo del Álbum Monumental de España, editado en 1863 y que recoge imágenes tomadas en Granada y otras ciudades andaluzas por el fotógrafo británico Charles Clifford. Además de otras fotografías elaboradas en la segunda mitad del siglo XIX por Rafael Garzón y Charles Mauzaisse, la Academia posee una valiosa colección de veráscopos realizados en el primer tercio del siglo XX por el académico y fotógrafo amateur Manuel Martínez de Victoria, cuyo valor documental puede apreciarse en la selección expuesta.
Como reflejo del ámbito de la creación musical, última de las secciones que se incorporó a la Academia en 1874, se muestran algunas partituras manuscritas, así como documentación y fotografías relacionadas con sus académicos compositores: Francisco Rodríguez, Ramón Noguera, Manuel de Falla y Ángel Barrios.